治疗白癜风哪家医院比较好 https://jbk.39.net/yiyuanfengcai/yyjs_bjzkbdfyy/近日，由中国食品药品检定研究院刘东来和医院田颖新等多位学者共同在《分子诊断与治疗杂志》上发表一篇有关mNGS参考品建立详情的论著。文中提到虽然我国mNGS行业在产品转化速度和临床普及程度两方面均领先国外，但mNGS技术现阶段仍存在较多技术问题，且缺乏相关质量控制方法和评价标准，给医疗机构本地化应用带来困扰和挑战。本文基于此种情况，建立了病原宏基因组高通量测序技术质量评价参考品体系，以完善医疗机构本地化应用mNGS的规范性。
文献信息
文章题目：病原宏基因组高通量测序技术质量评价参考品的建立
文章作者：刘东来，沈舒，田颖新，周海卫，张樱，许四宏
发表期刊：分子诊断与治疗杂志
发表时间：
影响因子：1.39
1
研究背景
新冠肺炎疫情发生后之所以能快速锁定病原、揭示新型冠状病毒基因组，得益于病原宏基因组高通量测序（metagenomicnextgenerationsequencing，mNGS）技术近年来的快速发展和应用。相比传统分子诊断技术，mNGS技术具有更广泛的检测谱，尤其适合临床不明病因感染的辅助诊断，但在现阶段仍存在较多技术问题，医疗机构为保证mNGS本地化的有序发展、规范管理及合理使用，有必要进行质量评价或性能确认1,2,3。
2
研究目的
建立mNGS本地化检测质量评价所需参考品，便于医疗机构更高效地开展mNGS本地化检测系统的质量评价活动。
3
研究方法
材料
本研究包含10种微生物，D1系列参考品包含格氏李斯特菌、副流感嗜血杆菌、琼氏不动杆菌、马红球菌、藤黄微球菌；D2系列参考品包含干燥奈瑟菌、荧光假单胞菌、嗜水气单胞菌、嗜肺军团菌及葡萄牙念珠菌等10种细菌和真菌。
人源细胞为Hela细胞系。
仪器试剂
微生物培养及鉴定使用全自动细菌鉴定分析系统（型号VITEK2）及配套的微生物鉴定卡。
参考品制备
梯度微生物浓度的参考品：
微生物浓度梯度为0、、及CFU/mL人源细胞浓度均为cells/mL的参考品。
梯度人源细胞浓度的参考品：
人源细胞浓度分别为、及cells/mL微生物浓度均为CFU/mL的参考品。
参考品使用方法
阳性符合率和阴性符合率参考品检测1次；重复性参考品检测3次，并分别计算各微生物检出序列数的变异系数（coefficientofvariation，CV）；检出限和线性参考品检测1次，并分别计算不同人源细胞和微生物浓度梯度系列参考品中各微生物检出序列数的线性相关系数的绝对值
r
。检测其稳定性，综合进行统计学分析。
4
研究结果
空白参考品D0以及分别含有5种微生物的D1和D2系列参考品组成见表1。使用病原宏基因组高通量测序技术检测制备好的参考品，参考品范围内的微生物均检出，检测结果见表2。
重复性检测结果
参考品D12和D22各个微生物3次检测的检出序列数的变异系数均小于50%，其中7个微生物的变异系数小于30%，见表3。
线性检测结果
微生物浓度线性参考品D11、D12、D13和D21、D22、D23，各个微生物检出序列数的线性相关系数的绝对值
r
均大于0.86，见表2和表3。结果表明随着微生物浓度降低，检出序列数降低。
人源细胞浓度线性参考品D13、D12（10）、D11（）和D23、D22（10）、D21（），各个微生物检出序列数的线性相关系数的绝对值
r
均大于0.86，见表2和表3。结果表明随着人源细胞浓度降低，相应的微生物检测序列数上升。
稳定性检测结果
分别对未冻融和冻融过的参考品D13和D23进行检测，未冻融和冻融1次时各微生物检出序列数未见明显差异，冻融2次后检出序列数均下降，见表4。结果表明冻融2次的参考品不宜继续使用。
5
总结
mNGS检测流程对环境、仪器及人员专业技术能力要求极高，医疗机构在正式开展mNGS本地化检测前需要进行质量评价4。
该课题组建立了病原宏基因组高通量测序技术质量评价参考品及使用方法，包括1个空白和10个微生物参考品。其中微生物的选取是基于以下原则：
1
参考品组成包括人源细胞和微生物，可以模拟临床感染样本。
2
mNGS检测范围理论覆盖其生物信息学分析流程中使用数据库里面的全部病原体，全部验证不具有可操性，因此常选择少数几种进行验证。
3
参考品中含有较高浓度微生物，且进行质量评价时在短期内需完成大量检测，存在气溶胶污染风险。
4
选择临床不常见、但与临床常见微生物种属相近的物种进行“代表性”验证，可以最大程度不干扰医疗机构日常检验工作。
5
通过考察检测结果中，是否将参考品中临床不常见微生物误报为其近缘的临床微生物，来评价检测的准确性和特异性（即假阳性）。
6
通过设置仅含人源细胞、不含微生物的空白参考品，可以对整体的检测结果情况进行校正。
通过本参考品的检测，可以得到以下结论：
1
以往研究提示人源细胞背景对mNGS检出限有潜在影响，本参考品通过设置3种人源细胞水平，可以清晰地看到，微生物检出序列数随着人源细胞浓度增加而降低，提示高浓度的人源细胞有可能影响mNGS的检出限。
2
通过检测“固定人源细胞微生物梯度降低”和“固定微生物人源细胞梯度降低”两组参考品，并计算各微生物检出序列数的线性相关系数，可以分析检测的稳定性（即鲁棒性）。
3
仅用15个测试，即可快速高效地对阳性符合率、阴性符合率、重复性、检出限及线性等性能指标进行评价。
使用该参考品，该医院，于年开展了全国医疗机构mNGS本地化质量评价联合研究（数据整理分析中），以期为医疗机构开展mNGS本地化建设提供支持。
参考文献：
1.刘东来，张春涛，王佑春，等.病原宏基因组高通量测序技术质量控制与评价的挑战和思考［J］.生物工程学报，，36（12）：.
2.韩东升，马筱玲，吴文娟.病原体宏医院实验室本地化之路：现状和挑战［J］.中华检验医学杂志，，45（2）：.
3.LiuDL，ZhouHW，XuT，etal.Multicenterassessmentofshotgunmetagenomicsforpathogendetection［J］.EBioMedicine，，74：649.
4.张栋，张京家，杜鹃，等.病原宏基因组高通量测序性能确认方案［J］.中华检验医学杂志，.
